La Comisión Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas, que la preside la Defensoría del Pueblo, entregó una serie de recomendaciones para que haya una completa investigación, juicios claros y sanciones ejemplares contra responsables del delito de desaparición de personas. La Comisión Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas afirma que "el Estado debe asegurar la investigación, enjuiciamiento y sanción de los responsables como presupuesto para la construcción de una sociedad en paz, donde la garantía y satisfacción de los derechos de las víctimas sea el núcleo de transición hacia el posconflicto. Un conjunto de 191 recomendaciones puntuales en aspectos como la estructura de la nueva Unidad Especial de Búsqueda de Personas Desaparecidas, los procesos de búsqueda, localización, identificación y entrega digna, así como los mecanismos de participación, reparación y memoria histórica, fueron entregados por la Comisión que es presidida por el defensor del Pueblo encargado, Alfonso Cajiao. La Comisión también la conforman Defensoría del Pueblo, Fiscalía General de la Nación, Procuraduría General de la Nación, Ministerio de Defensa, Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses, Consejería Presidencial para los Derechos Humanos y Consejo Nacional de Lucha Contra el Secuestro- Conase-, además de dos organizaciones sociales Asfades y la Fundación Nydia Erika Bautista. Además de fijar criterios para la conformación y funcionamiento de la nueva Unidad de Búsqueda de Personas Desaparecidas como instancia transitoria e independiente, la Comisión hizo énfasis en la participación, protección y acompañamiento a los familiares de las víctimas. Entre las recomendaciones sobresale la implementación de un Plan Nacional de Búsqueda de Personas desaparecidas por parte de la nueva Unidad Especial, a partir de un Registro Nacional de Desaparecidos (RND), que mediante un sistema unificado y robusto recopile toda la información relacionada con la estadística, descripción, categorización de casos, análisis de contexto y seguimiento, a través del respaldo del Banco de Perfiles Genéticos que administran el Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses y la Fiscalía General de la Nación. También las recomendaciones piden el derecho de cada víctima a conocer la verdad sobre las circunstancias de la desaparición forzada, la evolución y resultados de las investigaciones, así como la suerte de las personas desaparecidas, lo cual implica rigurosidad en las medidas de investigación y compromiso de los actores involucrados en situaciones de desaparición. La Comisión sugirió "atender con calidad y enfoque diferencial las medidas de protección en casos de amenaza y hostigamiento contra líderes, organizaciones, asociaciones, defensores de víctimas de desaparición forzada, funcionarios adscritos al sistema y familiares que así lo requieran". El documento entregado a la mesa de La Habana fue el resultado de los aportes de todas las instancias involucradas, a partir de un plan de trabajo que incluyó tres encuentros regionales en Bucaramanga, Cali y Bogotá.