El principal problema de la cuenca del Lago de Tota es la inadecuada gestión ambiental y sectorial del territorio.  Los aspectos centrales que hacen referencia al deterioro de los servicios ecosistémicos que presta la cuenca del Lago de Tota, se basan en la falta de educación ambiental por parte de las personas que habitan la cuenca  con sus vertimientos domésticos, entre otros factores. Igualmente, se esperan medidas para  señalar las limitaciones de este recurso hídrico para el departamento de Boyacá. teniendo en cuenta la importancia del trato del agua. Gabriel Vallejo,  Ministro de Medio Ambiente, dice: "hasta el momento el documento tuvo ajuste en el presupuesto pero que se tienen recursos alrededor de $9 mil millones de pesos". No obstante las cooperaciones internacionales de alianza publico privadas para completar el compes del Lago de Tota según el ministerio de Medio Ambiente.  Dice, "se tiene en cuentas hasta el momento recursos de $5 millones de dolares con la alianza colombo-francesa para la culminación de este proceso. manifestó Vallejo. por otra parte la dinámica económica de Aquitania, Cuítiva, Tota y Sogamoso, ha generado un continuo incremento en la ampliación de la frontera agropecuaria, característica que incide sobre los sectores productivos que se desarrollan en la cuenca de los usos del suelo y del agua.